A pesar de sus múltiples esfuerzos, Hernán no ha conseguido alcanzar la paz en Occidente y regresa a la India. Emprende el viaje llevado por el desasosiego interior, movido por la noticia d e un manuscrito secreto del que ni siquiera sabe side veras existe; tras un largo aprendizaje vital terminará asistiendo a su maestro Suresh en elpr o ceso de su muerte consciente.

 Se cierra así elcírculo del recorrido místico que había iniciadojunto a  Sures h, y que lo  acerca un poco más alconocimiento de sí mismo.El manuscrito  secreto del faquir continúa el re latod e exploración espiritual de sus novelas anteriores,El faquir y En busca del faquir. Pocas veces sehan narrado con tanto desenfado  y realismo losdetalles de su viaje iniciático.

El amor y su búsqueda es la línea central de este emocionante relato, que comienza con una historia de amor y desamor en nuestro siglo, que se desarrolla de forma paralela y vinculada a otra ocurrida en la India siglos antes entre los mismos protagonistas.

Esta obra aborda y explica los chakras principales del cuerpo humano, mediante los cuales debe ascender la energía kundalini, una vez despertada a través de técnicas como el kundalini yoga, lo que llevará al ser humano a su realización y al contacto con lo divino. “En todo ser humano se manifiesta la energía superior, la energía cósmica, porque el hombre (microcosmos) es una representación del macrocosmos. Esta energía superior, que es llamada Shakti, aparece individuada en el hombre como Kundalini (enroscada o serpiente). 

El cuerpo físico se ve correspondido por el cuerpo sutil. Así como cuerpo físico goza de sus centros nerviosos y sus nervios, el cuerpo sutil también posee unos elementos (se entiende que conformados por energía sutil), que se denominan chakras (acumuladores de energía) y nadis (conductos por los que circula la energía). Chakra quiere decir rueda. Se les denomina así porque tienen forma de rueda o círculo y también se las denomina lotos. El Kundalini yoga es la modalidad yóguica que versa sobre esta energía, su naturaleza y los procedimientos existentes para despertarla y hacerla ascender a lo largo del sushumna. Cuando la energía kundalini asciende hasta el vertex de la cabeza, sobreviene la iluminación. Alcanzada su meta, se une e identifica con la energía divina y el ser humano obtiene su naturaleza original, aquella de la que fue divorciado por la intromisión de la sustancia material”.