La idea que subyace en el proceso de la transmutación alquímica es básicamente la muerte de una sustancia determinada y su resurrección o renacimiento como otra sustancia distinta, más perfecta, y más noble. Cuando los alquimistas se referían a este proceso lo hacían aludiendo a sustancias metálicas, las cuales, al estar referidas a sus cualidades sóficas estaban mencionando a las cualidades del alma, cualidades que se expresan en el carácter del hombre.
El hombre puede compararse a un metal con muchas impurezas, susceptible de ser transformado en oro por efecto de la Piedra Filosofal, la cual he manifestado de forma explícita que está formada fundamentalmente de mercurio. El cuerpo físico humano, entendiendo éste no sólo como la carne y los huesos, sino también como el conjunto de instintos, deseos e impulsos que provienen de lo inconsciente, debe ser tocado por esa Piedra, para lo cual debe permitir que el mercurio lo permee completamente. Esta operación lleva al metal, en este caso al hombre, a su sustancia original, a su estado original, sin las adherencias que se le han ido acumulando durante el transcurso de la vida, y puede que incluso desde antes.
En este momento del proceso, la alquimia nos dice que el oro está cerca, sólo hacen falta semillas de oro , las cuales, añadidas a esa sustancia original, la irán convirtiendo en oro, como si de un proceso de fermentación se tratara. El hombre sale del sueño profundo al que ha estado sometido y comienza su despertar.
Ese despertar conlleva más alma, ser más consciente de ella, pues desde el punto de vista del alquimista, el opus es el sendero de la forja del alma, principal protagonista del viaje arquetípico que el opus alquímico nos propone.