La gran mayoría de los Masones sonríen con desdén cuando se usa el término «Ciencia Oculta» con respecto a los Misterios; pero, a pesar de todo, si no hubiese sido por las Fraternidades Ocultas, la Masonería no habría existido. La Doctrina Secreta fue la religión difundida universalmente entre los Antiguos. Prueban su difusión los anales auténticos de la historia, una cadena completa de documentos que muestran su carácter y presencia en todas las regiones, junto con las enseñanzas de sus grandes Adeptos, que existen hasta hoy en las criptas secretas de librerías pertenecientes a las Fraternidades Ocultas, entre los cuales debe agradecérsele más que a cualquier otra, a la verdadera Fraternidad Rosa-Cruz, por haber guardado intactos los escritos secretos y Sagrados. Aunque se persiguió individualmente a muchos miembros de esta Fraternidad, en muchas partes y durante todos los siglos, la Orden, como tal, ha continuado sin interrupción.

En los capítulos de Moral y Dogma correspondientes a la Logia de Perfección, Albert Pike se adentra en el simbolismo de los grados inefables, al tiempo que aborda la función de la Masonería como escuela de formación del ciudadano, desarrollando las enseñanzas morales y filosóficas que deben iluminar al masón en el desempeño de los distintos cargos públicos propios de una república constitucional y democrática. Igualmente analiza de qué forma el masón debe superar los errores ancestrales de los credos tradicionales para hallar la religión universal en la que todos los hombres pueden coincidir aunando Fe y Razón, y afirma el necesario compromiso de la Masonería en las causas sociales; pues ante todo, el masón que recibe estos grados debe ser un ejemplo a seguir por sus conciudadanos en la lucha por el Progreso Social.